Разработан уникальный программный комплекс
для исследований в области биоинформатики и генетики
Сотрудники Института цитологии и генетики СО РАН, Новосибирского государственного университета и университета им. Мартина Лютера (Германия) разработали программный комплекс, позволяющий повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов.
Комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся мотивов — участков, на которые "садятся" белки, управляющие транскрипцией — считыванием закодированной в молекуле ДНК информации. Расположенные рядом мотивы, как правило функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе распознавания последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.
В традиционно существующих методах обработки отсутствует анализ перекрывания или требуется проводить множество дополнительных экспериментов ChIP-seq для потенциальных партнерских белков-регуляторов. Программный комплекс позволяет по результатам лишь одного ChIP-seq эксперимента определить пары белков-регуляторов, работающих вместе, и описать соответствующие им участки связывания ДНК. Новосибирские ученые получили патент на свою программу, и она готова к практическому применению.